ห้องสะอาดของโรงพยาบาลส่วนใหญ่จะใช้ในห้องผ่าตัดแบบโมดูลาร์ ห้องไอซียู ห้องแยกโรค ฯลฯ ห้องสะอาดทางการแพทย์เป็นอุตสาหกรรมขนาดใหญ่และพิเศษ โดยเฉพาะห้องผ่าตัดแบบโมดูลาร์มีความต้องการความสะอาดของอากาศสูง ห้องผ่าตัดแบบโมดูลาร์เป็นส่วนที่สำคัญที่สุดของโรงพยาบาล ประกอบด้วยห้องผ่าตัดหลักและพื้นที่เสริม ระดับการทำความสะอาดที่เหมาะสมที่สุดใกล้กับโต๊ะปฏิบัติการคือต้องถึงคลาส 100 โดยปกติแล้วจะแนะนำให้ใช้เพดานการไหลแบบลามินาร์ที่กรองด้วย hepa ที่ด้านบนอย่างน้อย 3*3 เมตร ดังนั้นจึงสามารถคลุมโต๊ะปฏิบัติการและผู้ปฏิบัติงานไว้ด้านในได้ อัตราการติดเชื้อของผู้ป่วยในสภาพแวดล้อมปลอดเชื้อสามารถลดลงได้มากกว่า 10 เท่า ดังนั้นจึงสามารถใช้ยาปฏิชีวนะน้อยลงหรือไม่ใช้ก็ได้ เพื่อหลีกเลี่ยงการทำลายระบบภูมิคุ้มกันของมนุษย์
ยกตัวอย่างห้องคลีนรูมในโรงพยาบาลของเรา (ฟิลิปปินส์ 500 ตร.ม. ชั้น 100+10000)