ห้องคลีนรูมของโรงพยาบาลส่วนใหญ่ใช้ในห้องผ่าตัดแบบแยกส่วน ห้องไอซียู ห้องแยกโรค และอื่นๆ ห้องคลีนรูมทางการแพทย์เป็นอุตสาหกรรมขนาดใหญ่และมีความเฉพาะทาง โดยเฉพาะห้องผ่าตัดแบบแยกส่วนที่มีความต้องการความสะอาดของอากาศสูง ห้องผ่าตัดแบบแยกส่วนเป็นส่วนที่สำคัญที่สุดของโรงพยาบาล ประกอบด้วยห้องผ่าตัดหลักและพื้นที่เสริม ระดับความสะอาดที่เหมาะสมที่สุดใกล้กับโต๊ะผ่าตัดคือระดับ 100 โดยทั่วไปแนะนำให้ใช้เพดานแบบลามินาร์โฟลว์ที่มีแผ่นกรอง HEPA อย่างน้อย 3x3 เมตรจากด้านบน เพื่อให้สามารถคลุมโต๊ะผ่าตัดและผู้ปฏิบัติงานไว้ภายในได้ อัตราการติดเชื้อของผู้ป่วยในสภาพแวดล้อมปลอดเชื้อสามารถลดลงได้มากกว่า 10 เท่า ดังนั้นจึงสามารถลดหรืองดการใช้ยาปฏิชีวนะเพื่อป้องกันการทำลายระบบภูมิคุ้มกันของมนุษย์
ยกตัวอย่างห้องสะอาดของโรงพยาบาลของเรา (ฟิลิปปินส์ 500 ตร.ม. ชั้น 100+10000)
